تقوم مديرية المشاريع بالإشراف على تنفيذ المشاريع من ناحية إعداد خططها التنفيذية ومتابعة سير العمل فيها، ويشمل ذلك متابعة تقارير سير العمل وإجراء الزيارات الميدانية الدورية والاتصال المباشر مع الجهات المعنية، وذلك بحسب طبيعة المشروع الذي يتم تنفيذه، كما تقوم المديرية بالتنسيق المباشر مع مديريات الصندوق الاخرى بهدف تسهيل ايصال الخدمة إلى مستحقيها.

وتتضمن مسؤوليات مديرية المشاريع ما يلي:

-  المشاركة في وضع الخطط التنموية والسياسات العامة وتحديد الأولويات ضمن القطاعات المختلفة، ودراسات الجدوى الاقتصادية للمشاريع التنموية في ضوء هذه الأولويات.

-   المشاركة في وضع واعتماد الخطط التنفيذية للمشاريع الممولة ومتابعة سير العمل.

-   تقديم المشورة الفنية للجهات المنفذة للمشاريع وللمجتمع المحلي على حد سواء وتحديد الصعوبات والمعوقات التي تؤثرعلى سير العمل في المشاريع المختلفة بالتعاون مع الجهات ذات العلاقة.

-   المشاركة في اعداد مشروع الموازنة السنوية للصندوق فيما يتعلق بالمشاريع.

وتقسم المديرية إلى الاقسام التالية:

•  قسم المشاريع الجنوب،الشمال والوسطى.
• قسم المتابعة والتقييم.